2004年,根据学科发展需要,将原隶属教研室的22个实验室,按功能合并、重组、科学配制,将原医学基础实验中心的各子实验室进行整合,成立医学基础实验教学中心。实验教学中心由形态学实验中心、生物化学与分子生物学实验中心、临床实践教学中心、基础技能实验中心等四部分组成,教学仪器共计2390台(套),总值1988.237万元。医学基础实验教学中心实行校、院、中心三级管理制度,建立了较为完善的规范化管理制度。为医学基础实验教学和实践教学改革提供了平台保障,为西藏地区医学人才培养提供了较为先进的实验教学平台。2008年实验教学中心获批为西藏自治区医学基础实验教学中心,2013年7月实验教学中心获批为国家级医学基础实验教学示范中心。以医学基础实验教学中心为平台,完成了四届全国临床技能大赛学生的培训工作和西藏自治区大学生创新项目58项,其中《七十味珍珠丸对离体大鼠心脏抗缺氧机制的探讨》获第十三届全国“挑战杯”竞赛西藏自治区选拔赛自然科学类二等奖。
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