1965年，西藏民族学院（下称我校）组建会计科，当时只设财务会计一个专业，中专层次，主要为西藏革命和建设培养财务会计人员。1972年会计科迁入我校西藏林芝分校。
1985年，会计科迁回我校本部，并组建、成立财经系，设立财务会计学、计划统计学两个大专专业。聘请陕西财经学院会计系主任、博士生导师杨宗昌教授为本系名誉主任，在教学、科研和管理工作方面得到了大力支持和指导。同时为本系利用陕西财经学院师资力量和派遣教师到陕西财经学院进修学习提供了重要渠道。1993年，财会、计统专业首次面向西藏以外的省市（区）招生，同年，财经系又设立了与财会专业关系密切的税务大专专业。1995年，财经系更名经济系。2005年，在原经济系基础上成立财经学院。
1998年9月，经教育部批准，经济系设立会计学本科专业，主要培养适应西藏经济建设和社会改革、发展需要的应用型会计学专业高级人才。2001—2003年，经济系设立与会计学专业相近的财政学、统计学、金融学本科专业，为会计学专业办学夯实了更为宽厚的基础。2003年-2007年，教育部所属全国重点大学厦门大学、东南大学对口支援我系，先后派来7名教师到我系从事专业教学和管理工作，在学科建设、教学管理、师资培训等方面作出了大量建设性工作。
40多年来，我校会计学专业，坚持党的教育方针和民族政策，坚持服务西藏的办学理念，依托高教大省陕西的优质教育资源，紧密结合西藏的社会主义改造和现代化建设对会计学专业人才的要求，通过教职工的努力，为西藏的社会主义革命和建设事业培养了4000余名“靠得住（政治合格）、用得上（适合西藏需要）、下得去（到基层）、留得住（长期扎根西藏）”业务过硬的财会人才，占西藏全部财会人员数量的70%，为西藏的改革、开放、发展、稳定和民族团结做出了巨大贡献。1990年，时任中共西藏自治区党委书记的胡锦涛同志指出：“实践证明，在内地办民院的决策是正确的，成绩是巨大的，西藏民族学院已经成为西藏培养干部的重要基地。办好西藏民族学院，继续发扬民院作为西藏培养干部基地的作用，是坚定不移的。”这当然也包括了对我校财会专业40余年办学业绩的肯定。
会计学专业现拥有专业教师15人、在校生479名，成为学校首批重点学科和专业，教学科研水平已处于西藏领先地位。