西藏经济发展研究中心主要研究方向是西藏地区经济发展问题，跨越民族问题理论、藏学两个二级学科。其研究目的主要是揭示西藏地区经济发展特点和规律，探索西藏地区经济跨越式发展和可持续发展的路径，提出西藏地区经济发展战略、发展规划和保障政策，为西藏自治区经济跨越式发展和社会长治久安服务，为培养“中国少数民族经济”研究生服务，为建设民族经济学学科服务。
西藏宗教与社会问题研究中心主要侧重于藏传佛教和苯教两大民族地域性宗教的深入研究，以及传统宗教文化与当代社会相适应的问题研究、民间宗教研究等。藏传佛教、苯教和民间宗教是西藏社会最主要的宗教文化形态，对西藏社会生活各个方面都有重大影响。研究西藏宗教如何与社会主义社会相适应以及两者如何在和谐社会的现代构建中更好地发挥作用，不仅是弘扬藏族优秀传统文化的重要组成部分，也是促进实现藏族传统文化现代转型的必要条件。本研究现在有中国哲学硕士点藏传佛教哲学和藏传佛教思想两个方向。
西藏历史文化研究中心在藏族传统文化、史学、宗教、文学、民俗等方面的研究有着优良的传统。例如，自20世纪80年代以来，有关研究人员多次赴藏族、门巴族、珞巴族、僜人、夏尔巴人聚居的广大藏区和喜马拉雅山区进行田野考察及社会历史调查，搜集有大量第一手实物、文字、录音和影像资料。西藏历史文化研究中心立足西藏历史和传统文化，面向社会和现实需要，以喜马拉雅山地族群与区域文化、西藏地方与中央政府关系史、少数民族非物质文化遗产、藏族文化史、中国民族史（藏族史）、青藏历史地理、藏族史学史等为主要研究方向。